La tradición religiosa de la familia Darwin fue un irregular unitarismo, ya que su padre y su abuelo eran librepensadores, y, al mismo tiempo, su bautismo y su formación religiosa fueron anglicanas. En su época de Cambridge, Darwin se planteó convertirse en un clérigo anglicano, sin albergar ninguna duda sobre la verdad literal de la Biblia. Sin embargo, su relación con John Herschel, así como con la teología natural de William Paley, le hicieron adoptar un pensamiento crítico que buscaba explicaciones más allá del milagro o la teleología de la creación divina. En el viaje a bordo del HMS Beagle, Darwin aún buscaba "centros de creación" que justificasen la distribución de las especies. Así, por ejemplo, al ver hormigas león en poblaciones de canguros habló de "dos momentos de creación distintos". Aún seguía siendo bastante ortodoxo y citaba regularmente la Biblia como una autoridad moral.
A su retorno, sin embargo, Darwin era mucho más crítico con el pensamiento creacionista, y se planteó por primera vez la posibilidad de que otras religiones, o incluso todas ellas, fuesen igualmente válidas. Los siguientes años, de intensa especulación en torno a cuestiones geológicas y a la transmutación de las especies, hicieron que se plantease muchas cuestiones relativas a la fe, y así lo discutía frecuentemente con Emma, su mujer, quien apoyaba su fe en un estudio y un cuestionamiento igualmente serios. La teodicea de Paley y la obra de Malthus abrían otro frente crítico al admitir el hambre o la extinción como efectos de una Creación que él suponía buena y perfecta. Para Darwin, la selección natural generaba de por sí esa "perfección", pero eliminaba la necesidad de un "diseño divino", al tiempo que comprometía el lugar de ese "Dios bondadoso" en la Creación, al observar cómo algunos organismos paralizaban a otros para convertirlos en comida viviente para sus crías. Sin embargo, consideraba la vida como un conjunto de organismos perfectamente adaptados, y en el Origen exponía algunos argumentos teológicos. Aunque por entonces consideraba la religión como un mecanismo estratégico de supervivencia, Darwin aún creía que, en último término, Dios era el "dador de vida".[135] [136]
Darwin continuó desarrollando un papel muy activo en las tareas de su parroquia, pero hacia 1849 comenzó a dedicar el tiempo que su familia pasaba en el templo a dar paseos en soledad.Aunque era reticente a manifestar su opinión sobre cuestiones religiosas, en 1879 afirmó que nunca se había considerado un ateo, y que el término agnóstico "sería una descripción más correcta de mi estado de ánimo".
La
Historia de Lady Hope, publicada en 1915, describía cómo Darwin había vuelto al cristianismo en su lecho de muerte, aunque despertó las protestas de sus hijos y fue posteriormente refutada por historiadores.
Sus últimas palabras fueron para su familia, diciéndole a su mujer Emma: "No tengo miedo de la muerte. Recuerda qué buena esposa has sido para mí. Dile a mis hijos que recuerden lo buenos que han sido todos conmigo." Entonces, mientras se apagaba, le decía repetidamente a Henrietta y Francis "Casi ha merecido la pena estar enfermo para recibir vuestros cuidados".
